Najstarejše arheološko najdišče v Blejskem kotu je jama Poljšiška cerkev pri Gorjah in je datirano v mlajši paleolitik. Posamične najdbe od neolitika do bronaste dobe so razpršene po vaseh: Grad, Rečica in Zasip ter na Otoku, Pristavi ter Bodeščah. Iz obdobja kulture žarnih grobišč izvira depojska najdba iz vzhodne jezerske obale, znane so posamične najdbe in grobišče na Žalah pri Bledu. Močnejšo poselitev je zaznati v starejši železni dobi, ko sta Na Pečeh in Na Sedlu naselbini ter nekropola na Pristavi. Območje blejskega gradu je bilo poseljeno skozi rimsko odboje do srednjega veka. Najpomembnejše zgodnjesrednjeveško najdišče je Pristava, kjer so sledi naselbine in grobišča. O veliki razsežnosti zgodnjeslovanske poselitve Blejskega kota pričajo odkrita grobišča na Blejskem gradu, Žalah pri Zasipu, Mlinu, Otoku, Dlescu pri Bodeščah in Spodnjih Gorjah. Najdba orodja, orožja in konjske oprave v Sebenjah pri Zasipu govori o nemirnem času 9. stoletja po Kr.

Blejski otok je bil obljuden že v prazgodovini, natančneje prvi materialni sledovi so iz tretjega tisočletja pr. Kr. – bakrene dobe. V kotanjah ob in v cerkvi, je bilo odkrito tudi neolitsko kamnito orodje. Iz železne dobe so bili odkriti odlomki posod. Najdb iz rimskega odboja je manj, znana je lončenina, železno pisalo, prav tako pa sodi v ta čas tudi rimski novec iz srednjeveškega groba. Odkriti odlomki steklenih čaš pa časovno opredeljujejo otok tudi v poznoantični čas. V zgodnjem srednjem veku pa so na otoku začeli pokopavati.

V sklopu obsežnih arheoloških raziskav so v okolici današnje cerkve in v notranjosti odkrili 124 grobov ter arhitekturne ostanke cerkva iz različnih časovnih obdobij. Raziskani grobovi so večinoma imeli smer pokopa od Z (glava) proti V (noge). Na podlagi pridatkov sodijo grobovi v köttlaško kulturno skupino (po P. Korošec) in v časovni okvir od sredine 9. do sredine 11. stoletja.