Začetki zanimanja za zgodovino Bohinja so povezani predvsem z razmahom bohinjskega železarstva v 18. in 19. stoletju in tudi z Žigom Zoisom. Že na začetku 19. stoletja so bile znane prve arheološke najdbe z Ajdovskega gradca, sledile so še druge z Dunaja pri Jereki in Lepenc. Pred drugo svetovno vojno je na več najdiščih v Bohinju izkopaval Valter Šmid. V petdesetih letih 20. stoletja sta Bohinj raziskovala Stane Gabrovec in Andrej Valič.

Valter Šmid

Ajdovski gradec 

Po nekaj desetletjih premora so bila leta 1999 izvedena zaščitna arheološka izkopavanja pri cerkvi sv. Janeza Krstnika na Ribčevem Lazu. Leta 2003 so bila arheološka izkopavanja na Ajdovskem gradcu, ki jih je vodila Marija Ogrin.  V letu 2007  so se arheološke raziskave nadaljevala na vrhu griča in na delu poznoantičnega obzidja.

Od leta 1996 potekajo v slovenskem visokogorju površinski pregledi in arheološki testni izkopi, pri katerih sodelujejo različne ustanove in zunanji sodelavci. S sistematičnimi arheološkimi raziskavami na območju Vzhodnih Julijskih Alp smo začeli v letu 2001,  najprej s topografskimi pregledi in nato s testnimi sondami na potencialnih arheoloških najdiščih.  Med prvimi odkritimi visokogorskimi arheološkimi najdišči je bila planina Klek na Pokljuki, kjer smo leta 2002 izvedli prvi arheološki testni izkop. V letih od 2005 do 2017 smo izvedli arheološka izkopavanja pod vodstvom Marije Ogrin na planinah Klek na Pokljuki (2004, 2005), Poljanica na Lepi Komni (2005), Pečana na Jelovici (2006), Kal na Zadnjem Voglu (2006), Dolga planja na Prvem Voglu (2012, 2013), Poljanica na Zadnjem Voglu (2017, 2018), in Bošinka nad Dednim poljem (2019).